［相談］
私は会社で経理を担当しています。
このたび、当社では従業員の福利厚生の向上を図る観点から、各人への通勤手当支給額について、これまで所得税が非課税とされる通勤手当（非課税通勤手当）の範囲内での支給としていたものを、非課税通勤手当の金額に合理的な範囲内で一定額を加算した金額での支給に変更することを決定しました。
そこでお聞きしたいのですが、上記の非課税通勤手当の金額を超えて支給される通勤手当について、消費税法上の仕入税額控除の規定の適用を受けることはできるのでしょうか。
［回答］
ご相談の場合、通勤手当の支給額が所得税が非課税とされる通勤手当（非課税通勤手当）の額を超えているかどうかに関係なく、その金額が通勤者につき通常必要であると認められる範囲内であれば、その通勤手当については帳簿のみの保存で仕入税額控除の適用を受けることができることとなります。詳細は下記解説をご参照ください。
［解説］
消費税法上、消費税の納税額の計算にあたって、売上に係る消費税額から、仕入れや経費などの支払に係る消費税額を差し引くことを「仕入税額控除」といいますが、この仕入税額控除の規定は、事業者が、その課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合には、原則として、その保存がない課税仕入れ等の税額については、適用しないと定められています。
ただし、請求書等の交付を受けることが困難である場合その他の一定の場合には、帳簿のみの保存で仕入税額控除の適用を受けることができると定められており、事業者がその使用人等で通勤する人に対して支給する通勤手当のうち、通勤者につき通常必要であると認められる部分についても、帳簿のみの保存で仕入税額控除の適用を受けることができると定められています。
上記1.の「通勤者につき通常必要であると認められる部分」とは、事業者が通勤者に支給する通勤手当が、その通勤者がその通勤に必要な交通機関の利用又は交通用具（マイカー、自転車など）の使用のために支出する費用に充てるものとした場合に、その通勤に通常必要であると認められるものをいいます。
したがって、今回のご相談の場合、通勤手当の支給額が所得税が非課税とされる通勤手当（非課税通勤手当）の額を超えているかどうかに関係なく、その金額が通勤者につき通常必要であると認められる範囲内であれば、その通勤手当については帳簿のみの保存で仕入税額控除の適用を受けることができることとなります。
［参考］
消法30、消令49、消規15の4、消基通11-6-5など
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